Năm 1895, Charles E. Hose tìm thấy một hộp sọ trên một bãi biển ở Sarawak, đảo Borneo. Ông đã tặng mẫu vật trên cho Bảo tàng Anh. Hộp sọ vẫn được nghiên cứu cho đến năm 1956 khi Francis Fraser kiểm tra và kết luận rằng đó là mẫu vật tương tự như các loài ở cả hai chi Lagenorhynchus và Delphinus nhưng không giống như một trong hai loài trên. Vì vậy, một chi mới được tạo ra bằng cách sáp nhập hai tên này lại với nhau.

Đó không phải là một loài riêng biệt cho đến năm 1971 khi Cá heo Fraser được phát hiện trên vùng biển thuộc đảo Cocos ở Đông Thái Bình Dương, Nam Úc và Nam Phi.